Aptamer-target interaction descriptor
Aptamer-target interaction information
Interaction ID: 1114
Aptamer sequence: TATTTATTGAATGCTGTAATTTCGCCACGCGAAAGTAGG
Target unique ID: P61769
Aptamer ID Aptamer descriptor Target chemistry Target name Affinity Binding Conditions/Buffer PubMed ID
Apta_1061 B03 Protein B2MG_HUMAN 36.7 nM Ammonium bicarbonate buffer (50 mM, pH 8.5) containing 500 mM NaCl 32631049
Structure information of aptamer
Aptamer Sequence: TATTTATTGAATGCTGTAATTTCGCCACGCGAAAGTAGG
The optimal secondary structure in dot-bracket notation: .............(((...((((((...)))))).))).
The centroid secondary structure in dot-bracket notation: ...................((((((...)))))).....
The MFE structure
The Centroid structure
The mountain plot representation
Aptamer information
Type Detail Type Detail
Aptamer ID Apta_1061 Description B03
Aptamer chemistry DNA Length 39 nt
GC content 38.5% Molecular weight 12,035.77 Da
Molarity of 1 μg/μl solution 83.09 μM Number of G-quadruplexes No QGRS found
G-Score N/A Function Target detection
Sequence TATTTATTGAATGCTGTAATTTCGCCACGCGAAAGTAGG
Applications Detecting Mb in human serum and distinguishing acute myocardial infarction patients from healthy individuals
Target information
Type Detail Type Detail
Uniprot ID P61769 Protein name Beta-2-microglobulin [Cleaved into: Beta-2-microglobulin form pI 5.3]
Gene name(s) B2M CDABP0092 HDCMA22P Organism Beta-2-microglobulin [Cleaved into: Beta-2-microglobulin form pI 5.3]
Status reviewed in uniprot database Length 119
Mass 13,715 Activity regulation N/A
Involvement in disease Immunodeficiency 43 (IMD43) Catalytic activity N/A
PDB ID(s)
1A1M;1A1N;1A1O;1A6Z;1A9B;1A9E;1AGB;1AGC;1AGD;1AGE;1AGF;1AKJ;1AO7;1B0G;1B0R;1BD2;1C16;1CE6;1CG9;1DE4;1DUY;1DUZ;1E27;1E28;1EEY;1EEZ;1EFX;1EXU;1GZP;1GZQ;1HHG;1HHH;1HHI;1HHJ;1HHK;1HLA;1HSA;1HSB;1I1F;1I1Y;1I4F;1I7R;1I7T;1I7U;1IM3;1IM9;1JF1;1JGD;1JGE;1JHT;1JNJ;1K5N;1KPR;1KTL;1LDS;1LP9;1M05;1M6O;1MHE;1MI5;1N2R;1OF2;1OGA;1OGT;1ONQ;1P7Q;1PY4;1Q94;1QEW;1QLF;1QQD;1QR1;1QRN;1QSE;1QSF;1QVO;1R3H;1S8D;1S9W;1S9X;1S9Y;1SYS;1SYV;1T1W;1T1X;1T1Y;1T1Z;1T20;1T21;1T22;1TMC;1TVB;1TVH;1UQS;1UXS;1UXW;1VGK;1W0V;1W0W;1W72;1X7Q;1XH3;1XR8;1XR9;1XZ0;1YDP;1YPZ;1ZHK;1ZHL;1ZS8;1ZSD;1ZT4;1ZVS;2A83;2AK4;2AV1;2AV7;2AXF;2AXG;2BCK;2BNQ;2BNR;2BSR;2BSS;2BST;2BVO;2BVP;2BVQ;2C7U;2CII;2CIK;2CLR;2D31;2D4D;2D4F;2DYP;2E8D;2ESV;2F53;2F54;2F74;2F8O;2FYY;2FZ3;2GIT;2GJ6;2GT9;2GTW;2GTZ;2GUO;2H26;2H6P;2HJK;2HJL;2HLA;2HN7;2J8U;2JCC;2NW3;2NX5;2P5E;2P5W;2PO6;2PYE;2RFX;2UWE;2V2W;2V2X;2VB5;2VLJ;2VLK;2VLL;2VLR;2X4N;2X4O;2X4P;2X4Q;2X4R;2X4S;2X4T;2X4U;2X70;2X89;2XKS;2XKU;2XPG;2YPK;2YPL;2YXF;2Z9T;3AM8;3B3I;3B6S;3BGM;3BH8;3BH9;3BHB;3BO8;3BP4;3BP7;3BVN;3BW9;3BWA;3BXN;3BZE;3BZF;3C9N;3CDG;3CII;3CIQ;3CZF;3D18;3D25;3D2U;3D39;3D3V;3DBX;3DHJ;3DHM;3DTX;3DX6;3DX7;3DX8;3DXA;3EKC;3FFC;3FQN;3FQR;3FQT;3FQU;3FQW;3FQX;3FT2;3FT3;3FT4;3GIV;3GJF;3GSN;3GSO;3GSQ;3GSR;3GSU;3GSV;3GSW;3GSX;3H7B;3H9H;3H9S;3HAE;3HCV;3HG1;3HLA;3HPJ;3HUJ;3I6G;3I6K;3I6L;3IB4;3IXA;3JTS;3KLA;3KPL;3KPM;3KPN;3KPO;3KPP;3KPQ;3KPR;3KPS;3KWW;3KXF;3KYN;3KYO;3L3D;3L3G;3L3I;3L3J;3L3K;3LKN;3LKO;3LKP;3LKQ;3LKR;3LKS;3LN4;3LN5;3LOW;3LOZ;3LV3;3M17;3M1B;3MGO;3MGT;3MR9;3MRB;3MRC;3MRD;3MRE;3MRF;3MRG;3MRH;3MRI;3MRJ;3MRK;3MRL;3MRM;3MRN;3MRO;3MRP;3MRQ;3MRR;3MV7;3MV8;3MV9;3MYJ;3MYZ;3MZT;3NA4;3NFN;3O3A;3O3B;3O3D;3O3E;3O4L;3OV6;3OX8;3OXR;3OXS;3PWJ;3PWL;3PWN;3PWP;3QDA;3QDG;3QDJ;3QDM;3QEQ;3QFD;3QFJ;3QZW;3REW;3RL1;3RL2;3RWJ;3S6C;3SDX;3SJV;3SKM;3SKO;3SPV;3T8X;3TID;3TIE;3TLR;3TM6;3TO2;3TZV;3U0P;3UPR;3UTQ;3UTS;3UTT;3V5D;3V5H;3V5K;3VCL;3VFM;3VFN;3VFO;3VFP;3VFR;3VFS;3VFT;3VFU;3VFV;3VFW;3VH8;3VRI;3VRJ;3VWJ;3VWK;3VXM;3VXN;3VXO;3VXP;3VXR;3VXS;3VXU;3W0W;3W39;3WL9;3WLB;3WUW;3X11;3X12;3X13;3X14;4E0K;4E0L;4E5X;4EN3;4EUP;4F7M;4F7P;4F7T;4FTV;4FXL;4G8G;4G8I;4G9D;4G9F;4GKN;4GKS;4GUP;4HKJ;4HWZ;4HX1;4I48;4I4W;4JFD;4JFE;4JFF;4JFO;4JFP;4JFQ;4JQV;4JQX;4JRX;4JRY;4K71;4K7F;4KDT;4L29;4L3C;4L3E;4L4T;4L4V;4LCW;4LCY;4LHU;4LNR;4M8V;4MJ5;4MJ6;4MJI;4MNQ;4N0F;4N0U;4N8V;4NNX;4NNY;4NO0;4NO2;4NO3;4NO5;4NQC;4NQD;4NQE;4NQV;4NQX;4NT6;4O2C;4O2E;4O2F;4ONO;4PJ5;4PJ7;4PJ8;4PJ9;4PJA;4PJB;4PJC;4PJD;4PJE;4PJF;4PJG;4PJH;4PJI;4PJX;4PR5;4PRA;4PRB;4PRD;4PRE;4PRH;4PRI;4PRN;4PRP;4QOK;4QRP;4QRQ;4QRR;4QRS;4QRT;4QRU;4R9H;4RA3;4RAH;4RMQ;4RMR;4RMS;4RMT;4RMU;4RMV;4RMW;4U1H;4U1I;4U1J;4U1K;4U1L;4U1M;4U1N;4U1S;4U6X;4U6Y;4UQ2;4UQ3;4WC8;4WDI;4WJ5;4WO4;4WU5;4WU7;4WUU;4WW2;4WWK;4X0S;4X6C;4X6D;4X6E;4X6F;4XXC;4Z76;4Z77;4Z78;5B38;5B39;5BJT;5BRZ;5BS0;5BXF;5C07;5C08;5C09;5C0A;5C0B;5C0C;5C0D;5C0E;5C0F;5C0G;5C0I;5C0J;5C9J;5CFH;5CKA;5CKG;5CS7;5CSB;5CSG;5D2L;5D2N;5D5M;5D7I;5D7J;5D7L;5D9S;5DDH;5DEF;5DEG;5E00;5E6I;5E9D;5ENW;5EO0;5EO1;5EOT;5EU3;5EU4;5EU5;5EU6;5EUO;5F1I;5F7D;5F9J;5FA3;5FA4;5FDW;5GR7;5GRD;5GRG;5GSB;5GSD;5GSR;5GSV;5GSX;5HGA;5HGB;5HGD;5HGH;5HHM;5HHN;5HHO;5HHP;5HHQ;5HYJ;5IB1;5IB2;5IB3;5IB4;5IB5;5IEH;5IEK;5IM7;5INC;5IND;5IRO;5ISZ;5IUE;5J1A;5JHD;5JZI;5KNM;5L2J;5L2K;5MEN;5MEO;5MEP;5MEQ;5MER;5N1Y;5N6B;5NHT;5NME;5NMF;5NMG;5NMH;5NMK;5NQ1;5NQ3;5NQK;5OPI;5SWQ;5T6W;5T6X;5T6Y;5T6Z;5T70;5TEZ;5TRZ;5TS1;5TXS;5U16;5U17;5U1R;5U2V;5U6Q;5U72;5U98;5V5L;5V5M;5VGD;5VGE;5VUD;5VUE;5VUF;5VVP;5VWD;5VWF;5VWH;5VWJ;5VZ5;5W1V;5W1W;5W67;5W69;5W6A;5WER;5WHK;5WJL;5WJN;5WKE;5WKF;5WKG;5WKH;5WKI;5WL1;5WMN;5WMO;5WMP;5WMQ;5WMR;5WSH;5WWI;5WWJ;5WWU;5WXC;5WXD;5XOS;5XOT;5XOV;5YXN;5YXU;6AEE;6AM5;6AMT;6AMU;6APN;6AT5;6AT9;6AVF;6AVG;6BJ2;6BJ3;6BJ8;6BXP;6BXQ;6C09;6C15;6C97;6C98;6C99;6CUG;6D29;6D2B;6D2R;6D2T;6D64;6D78;6DKP;6EI2;6ENY;6EQA;6EQB;6EWA;6EWC;6EWO;6FGB;6G3J;6G3K;6GGM;6GH1;6GH4;6GHN;6GK3;6GL1;6ID4;6IEX;6ILM;6J1V;6J1W;6J29;6J2A;6J2E;6J2G;6J2H;6J2I;6J2J;6JOZ;6JP3;6JTN;6JTO;6JTP;6K60;6K7T;6LA6;6LA7;6M1B;6M24;6M2J;6M2K;6MPP;6MT3;6MT4;6MT5;6MT6;6MTL;6MTM;6MWR;6NCA;6NHA;6NPR;6NUX;6O4Y;6O4Z;6O51;6O53;6O9B;6O9C;6OPD;6P23;6P27;6P2C;6P2F;6P2S;6P64;6PA1;6PAG;6PBH;6PTB;6PTE;6PUC;6PUD;6PUE;6PUF;6PUG;6PUH;6PUI;6PUJ;6PUK;6PUL;6PUM;6PVC;6PVD;6PYJ;6PYL;6PYV;6PYW;6PZ5;6Q3K;6Q3S;6QIO;6QIP;6R2L;6RP9;6RPA;6RPB;6RSY;6SS7;6SS8;6SS9;6SSA;6TDO;6TDP;6TDQ;6TDR;6TDS;6TMO;6TRN;6TRO;6UJ7;6UJ8;6UJ9;6UJO;6UJQ;6UK2;6UK4;6ULI;6ULK;6ULN;6ULR;6UON;6UZ1;6UZM;6UZN;6UZO;6UZP;6UZQ;6UZS;6V2O;6V2P;6V2Q;6V3J;6V7Y;6V7Z;6V80;6VB0;6VB1;6VB2;6VB3;6VB4;6VB5;6VB6;6VB7;6VIU;6VM7;6VM8;6VM9;6VMA;6VMC;6VMX;6VPZ;6VQ2;6VQD;6VQE;6VQO;6VQY;6VQZ;6VR1;6VR5;6VRM;6VRN;6W51;6W9U;6W9V;6WNA;6WOL;6WZY;6X00;6XQA;6XQP;6Y26;6Y27;6Y28;6Y29;6Y2A;6Y2B;6Z9V;6Z9W;6Z9X;6ZKW;6ZKX;6ZKY;6ZKZ;7AFV;7ALO;7B5F;7BBG;7BH8;7C9V;7CIQ;7CIR;7CIS;7DUU;7DYN;7DZM;7DZN;7EDO;7EJL;7EJM;7EJN;7EU2;7F4W;7JWI;7JYU;7JYV;7JYW;7JYX;7K80;7K81;7KGO;7KGP;7KGQ;7KGR;7KGS;7KGT;7KOZ;7KP0;7KP1;7L1B;7L1C;7L1D;7LFZ;7LG0;7LG2;7LG3;7LGD;7LGT;7LLI;7LLJ;7M8S;7M8T;7M8U;7MJ6;7MJ7;7MJ8;7MJ9;7MJA;7MKB;7MLE;7MX4;7MXF;7MXH;7N1A;7N1B;7N1E;7N1F;7N6D;7N6E;7NDQ;7NDT;7NDU;7NUI;7P3D;7P3E;7RM4;7RRG;7RTD;7RTR;7S8Q;7S8R;7S8S;7WKJ;
Function Component of the class I major histocompatibility complex (MHC).
Activity data
Interaction ID 1114
Target type Protein
Target unique ID P61769
Activity 36.7 nM
Binding Conditions/Buffer

Ammonium bicarbonate buffer (50 mM, pH 8.5) containing 500 mM NaCl

Assay

Characterization of selected B2M-binding aptamers

PubMed ID 32631049
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Apta_476 DNA CCTATCTTATTCGTTGCGGACTCCCCGGTCGGTATGTATG 52.50%
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Apta_1149 DNA ATCATGGTGGGTATCGGCACTCGTTGGTTGAT 51.28%
Apta_752 DNA GCTATCTTATGGAAATTTCGTGTAGGGTTTGGTGTGGCGGGGCTA 51.11%
Apta_1280 DNA TCATATCCTTCTTGGTATCATTGCGTCATTTAGTCATTCATGTTATTCCCGAGGG 50.91%