Aptamer-target interaction descriptor
Aptamer-target interaction information
Interaction ID: 1112
Aptamer sequence: TCGTGACGCCGTGCAGTTACCGATACGAGCCTCGTTTTG
Target unique ID: P61769
Aptamer ID Aptamer descriptor Target chemistry Target name Affinity Binding Conditions/Buffer PubMed ID
Apta_1059 B01 Protein B2MG_HUMAN 52.9 nM Ammonium bicarbonate buffer (50 mM, pH 8.5) containing 500 mM NaCl 32631049
Structure information of aptamer
Aptamer Sequence: TCGTGACGCCGTGCAGTTACCGATACGAGCCTCGTTTTG
The optimal secondary structure in dot-bracket notation: ..(((((........)))))(((.((((...)))).)))
The centroid secondary structure in dot-bracket notation: ..(((((........)))))(((.((((...)))).)))
The MFE structure
The Centroid structure
The mountain plot representation
Aptamer information
Type Detail Type Detail
Aptamer ID Apta_1059 Description B01
Aptamer chemistry DNA Length 39 nt
GC content 56.4% Molecular weight 11,965.67 Da
Molarity of 1 μg/μl solution 83.57 μM Number of G-quadruplexes No QGRS found
G-Score N/A Function Target detection
Sequence TCGTGACGCCGTGCAGTTACCGATACGAGCCTCGTTTTG
Applications Detecting Mb in human serum and distinguishing acute myocardial infarction patients from healthy individuals
Target information
Type Detail Type Detail
Uniprot ID P61769 Protein name Beta-2-microglobulin [Cleaved into: Beta-2-microglobulin form pI 5.3]
Gene name(s) B2M CDABP0092 HDCMA22P Organism Beta-2-microglobulin [Cleaved into: Beta-2-microglobulin form pI 5.3]
Status reviewed in uniprot database Length 119
Mass 13,715 Activity regulation N/A
Involvement in disease Immunodeficiency 43 (IMD43) Catalytic activity N/A
PDB ID(s)
1A1M;1A1N;1A1O;1A6Z;1A9B;1A9E;1AGB;1AGC;1AGD;1AGE;1AGF;1AKJ;1AO7;1B0G;1B0R;1BD2;1C16;1CE6;1CG9;1DE4;1DUY;1DUZ;1E27;1E28;1EEY;1EEZ;1EFX;1EXU;1GZP;1GZQ;1HHG;1HHH;1HHI;1HHJ;1HHK;1HLA;1HSA;1HSB;1I1F;1I1Y;1I4F;1I7R;1I7T;1I7U;1IM3;1IM9;1JF1;1JGD;1JGE;1JHT;1JNJ;1K5N;1KPR;1KTL;1LDS;1LP9;1M05;1M6O;1MHE;1MI5;1N2R;1OF2;1OGA;1OGT;1ONQ;1P7Q;1PY4;1Q94;1QEW;1QLF;1QQD;1QR1;1QRN;1QSE;1QSF;1QVO;1R3H;1S8D;1S9W;1S9X;1S9Y;1SYS;1SYV;1T1W;1T1X;1T1Y;1T1Z;1T20;1T21;1T22;1TMC;1TVB;1TVH;1UQS;1UXS;1UXW;1VGK;1W0V;1W0W;1W72;1X7Q;1XH3;1XR8;1XR9;1XZ0;1YDP;1YPZ;1ZHK;1ZHL;1ZS8;1ZSD;1ZT4;1ZVS;2A83;2AK4;2AV1;2AV7;2AXF;2AXG;2BCK;2BNQ;2BNR;2BSR;2BSS;2BST;2BVO;2BVP;2BVQ;2C7U;2CII;2CIK;2CLR;2D31;2D4D;2D4F;2DYP;2E8D;2ESV;2F53;2F54;2F74;2F8O;2FYY;2FZ3;2GIT;2GJ6;2GT9;2GTW;2GTZ;2GUO;2H26;2H6P;2HJK;2HJL;2HLA;2HN7;2J8U;2JCC;2NW3;2NX5;2P5E;2P5W;2PO6;2PYE;2RFX;2UWE;2V2W;2V2X;2VB5;2VLJ;2VLK;2VLL;2VLR;2X4N;2X4O;2X4P;2X4Q;2X4R;2X4S;2X4T;2X4U;2X70;2X89;2XKS;2XKU;2XPG;2YPK;2YPL;2YXF;2Z9T;3AM8;3B3I;3B6S;3BGM;3BH8;3BH9;3BHB;3BO8;3BP4;3BP7;3BVN;3BW9;3BWA;3BXN;3BZE;3BZF;3C9N;3CDG;3CII;3CIQ;3CZF;3D18;3D25;3D2U;3D39;3D3V;3DBX;3DHJ;3DHM;3DTX;3DX6;3DX7;3DX8;3DXA;3EKC;3FFC;3FQN;3FQR;3FQT;3FQU;3FQW;3FQX;3FT2;3FT3;3FT4;3GIV;3GJF;3GSN;3GSO;3GSQ;3GSR;3GSU;3GSV;3GSW;3GSX;3H7B;3H9H;3H9S;3HAE;3HCV;3HG1;3HLA;3HPJ;3HUJ;3I6G;3I6K;3I6L;3IB4;3IXA;3JTS;3KLA;3KPL;3KPM;3KPN;3KPO;3KPP;3KPQ;3KPR;3KPS;3KWW;3KXF;3KYN;3KYO;3L3D;3L3G;3L3I;3L3J;3L3K;3LKN;3LKO;3LKP;3LKQ;3LKR;3LKS;3LN4;3LN5;3LOW;3LOZ;3LV3;3M17;3M1B;3MGO;3MGT;3MR9;3MRB;3MRC;3MRD;3MRE;3MRF;3MRG;3MRH;3MRI;3MRJ;3MRK;3MRL;3MRM;3MRN;3MRO;3MRP;3MRQ;3MRR;3MV7;3MV8;3MV9;3MYJ;3MYZ;3MZT;3NA4;3NFN;3O3A;3O3B;3O3D;3O3E;3O4L;3OV6;3OX8;3OXR;3OXS;3PWJ;3PWL;3PWN;3PWP;3QDA;3QDG;3QDJ;3QDM;3QEQ;3QFD;3QFJ;3QZW;3REW;3RL1;3RL2;3RWJ;3S6C;3SDX;3SJV;3SKM;3SKO;3SPV;3T8X;3TID;3TIE;3TLR;3TM6;3TO2;3TZV;3U0P;3UPR;3UTQ;3UTS;3UTT;3V5D;3V5H;3V5K;3VCL;3VFM;3VFN;3VFO;3VFP;3VFR;3VFS;3VFT;3VFU;3VFV;3VFW;3VH8;3VRI;3VRJ;3VWJ;3VWK;3VXM;3VXN;3VXO;3VXP;3VXR;3VXS;3VXU;3W0W;3W39;3WL9;3WLB;3WUW;3X11;3X12;3X13;3X14;4E0K;4E0L;4E5X;4EN3;4EUP;4F7M;4F7P;4F7T;4FTV;4FXL;4G8G;4G8I;4G9D;4G9F;4GKN;4GKS;4GUP;4HKJ;4HWZ;4HX1;4I48;4I4W;4JFD;4JFE;4JFF;4JFO;4JFP;4JFQ;4JQV;4JQX;4JRX;4JRY;4K71;4K7F;4KDT;4L29;4L3C;4L3E;4L4T;4L4V;4LCW;4LCY;4LHU;4LNR;4M8V;4MJ5;4MJ6;4MJI;4MNQ;4N0F;4N0U;4N8V;4NNX;4NNY;4NO0;4NO2;4NO3;4NO5;4NQC;4NQD;4NQE;4NQV;4NQX;4NT6;4O2C;4O2E;4O2F;4ONO;4PJ5;4PJ7;4PJ8;4PJ9;4PJA;4PJB;4PJC;4PJD;4PJE;4PJF;4PJG;4PJH;4PJI;4PJX;4PR5;4PRA;4PRB;4PRD;4PRE;4PRH;4PRI;4PRN;4PRP;4QOK;4QRP;4QRQ;4QRR;4QRS;4QRT;4QRU;4R9H;4RA3;4RAH;4RMQ;4RMR;4RMS;4RMT;4RMU;4RMV;4RMW;4U1H;4U1I;4U1J;4U1K;4U1L;4U1M;4U1N;4U1S;4U6X;4U6Y;4UQ2;4UQ3;4WC8;4WDI;4WJ5;4WO4;4WU5;4WU7;4WUU;4WW2;4WWK;4X0S;4X6C;4X6D;4X6E;4X6F;4XXC;4Z76;4Z77;4Z78;5B38;5B39;5BJT;5BRZ;5BS0;5BXF;5C07;5C08;5C09;5C0A;5C0B;5C0C;5C0D;5C0E;5C0F;5C0G;5C0I;5C0J;5C9J;5CFH;5CKA;5CKG;5CS7;5CSB;5CSG;5D2L;5D2N;5D5M;5D7I;5D7J;5D7L;5D9S;5DDH;5DEF;5DEG;5E00;5E6I;5E9D;5ENW;5EO0;5EO1;5EOT;5EU3;5EU4;5EU5;5EU6;5EUO;5F1I;5F7D;5F9J;5FA3;5FA4;5FDW;5GR7;5GRD;5GRG;5GSB;5GSD;5GSR;5GSV;5GSX;5HGA;5HGB;5HGD;5HGH;5HHM;5HHN;5HHO;5HHP;5HHQ;5HYJ;5IB1;5IB2;5IB3;5IB4;5IB5;5IEH;5IEK;5IM7;5INC;5IND;5IRO;5ISZ;5IUE;5J1A;5JHD;5JZI;5KNM;5L2J;5L2K;5MEN;5MEO;5MEP;5MEQ;5MER;5N1Y;5N6B;5NHT;5NME;5NMF;5NMG;5NMH;5NMK;5NQ1;5NQ3;5NQK;5OPI;5SWQ;5T6W;5T6X;5T6Y;5T6Z;5T70;5TEZ;5TRZ;5TS1;5TXS;5U16;5U17;5U1R;5U2V;5U6Q;5U72;5U98;5V5L;5V5M;5VGD;5VGE;5VUD;5VUE;5VUF;5VVP;5VWD;5VWF;5VWH;5VWJ;5VZ5;5W1V;5W1W;5W67;5W69;5W6A;5WER;5WHK;5WJL;5WJN;5WKE;5WKF;5WKG;5WKH;5WKI;5WL1;5WMN;5WMO;5WMP;5WMQ;5WMR;5WSH;5WWI;5WWJ;5WWU;5WXC;5WXD;5XOS;5XOT;5XOV;5YXN;5YXU;6AEE;6AM5;6AMT;6AMU;6APN;6AT5;6AT9;6AVF;6AVG;6BJ2;6BJ3;6BJ8;6BXP;6BXQ;6C09;6C15;6C97;6C98;6C99;6CUG;6D29;6D2B;6D2R;6D2T;6D64;6D78;6DKP;6EI2;6ENY;6EQA;6EQB;6EWA;6EWC;6EWO;6FGB;6G3J;6G3K;6GGM;6GH1;6GH4;6GHN;6GK3;6GL1;6ID4;6IEX;6ILM;6J1V;6J1W;6J29;6J2A;6J2E;6J2G;6J2H;6J2I;6J2J;6JOZ;6JP3;6JTN;6JTO;6JTP;6K60;6K7T;6LA6;6LA7;6M1B;6M24;6M2J;6M2K;6MPP;6MT3;6MT4;6MT5;6MT6;6MTL;6MTM;6MWR;6NCA;6NHA;6NPR;6NUX;6O4Y;6O4Z;6O51;6O53;6O9B;6O9C;6OPD;6P23;6P27;6P2C;6P2F;6P2S;6P64;6PA1;6PAG;6PBH;6PTB;6PTE;6PUC;6PUD;6PUE;6PUF;6PUG;6PUH;6PUI;6PUJ;6PUK;6PUL;6PUM;6PVC;6PVD;6PYJ;6PYL;6PYV;6PYW;6PZ5;6Q3K;6Q3S;6QIO;6QIP;6R2L;6RP9;6RPA;6RPB;6RSY;6SS7;6SS8;6SS9;6SSA;6TDO;6TDP;6TDQ;6TDR;6TDS;6TMO;6TRN;6TRO;6UJ7;6UJ8;6UJ9;6UJO;6UJQ;6UK2;6UK4;6ULI;6ULK;6ULN;6ULR;6UON;6UZ1;6UZM;6UZN;6UZO;6UZP;6UZQ;6UZS;6V2O;6V2P;6V2Q;6V3J;6V7Y;6V7Z;6V80;6VB0;6VB1;6VB2;6VB3;6VB4;6VB5;6VB6;6VB7;6VIU;6VM7;6VM8;6VM9;6VMA;6VMC;6VMX;6VPZ;6VQ2;6VQD;6VQE;6VQO;6VQY;6VQZ;6VR1;6VR5;6VRM;6VRN;6W51;6W9U;6W9V;6WNA;6WOL;6WZY;6X00;6XQA;6XQP;6Y26;6Y27;6Y28;6Y29;6Y2A;6Y2B;6Z9V;6Z9W;6Z9X;6ZKW;6ZKX;6ZKY;6ZKZ;7AFV;7ALO;7B5F;7BBG;7BH8;7C9V;7CIQ;7CIR;7CIS;7DUU;7DYN;7DZM;7DZN;7EDO;7EJL;7EJM;7EJN;7EU2;7F4W;7JWI;7JYU;7JYV;7JYW;7JYX;7K80;7K81;7KGO;7KGP;7KGQ;7KGR;7KGS;7KGT;7KOZ;7KP0;7KP1;7L1B;7L1C;7L1D;7LFZ;7LG0;7LG2;7LG3;7LGD;7LGT;7LLI;7LLJ;7M8S;7M8T;7M8U;7MJ6;7MJ7;7MJ8;7MJ9;7MJA;7MKB;7MLE;7MX4;7MXF;7MXH;7N1A;7N1B;7N1E;7N1F;7N6D;7N6E;7NDQ;7NDT;7NDU;7NUI;7P3D;7P3E;7RM4;7RRG;7RTD;7RTR;7S8Q;7S8R;7S8S;7WKJ;
Function Component of the class I major histocompatibility complex (MHC).
Activity data
Interaction ID 1112
Target type Protein
Target unique ID P61769
Activity 52.9 nM
Binding Conditions/Buffer

Ammonium bicarbonate buffer (50 mM, pH 8.5) containing 500 mM NaCl

Assay

Characterization of selected B2M-binding aptamers

PubMed ID 32631049
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Apta_1199 DNA CCCTGCGGGGCTGCCCGATATGTGTCCAAGTGGTG 56.41%
Apta_1203 DNA CCCTGCGGGGCTACCCGATATGTGTCCGAGTGGTG 56.41%
Apta_1199 DNA CCCTGCGGGGCTGCCCGATATGTGTCCAAGTGGTG 56.41%
Apta_1208 DNA CCCTGCGGGGCTGCCCGATATGTGTCCAGGTGGTG 56.41%
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Apta_438 DNA AGCCATGACGATGTCGTTACGTAGATGCAGAGACTCCTAA 52.50%
Apta_438 DNA AGCCATGACGATGTCGTTACGTAGATGCAGAGACTCCTAA 52.50%