分子模拟与设计实验室（Laboratory of Molecular Modeling and Design, LMMD）建立于2004年9月，是华东理工大学药学院成立后设立的第一个实验室，隶属于上海市新药设计重点实验室。经过二十余年的发展，实验室现已成为国内外具有一定影响力的计算机辅助药物设计科学研究和人才培养基地。
实验室负责人为唐贇教授，现有成员51人，包括教授3名、博士生（含硕博连读）20名（其中在职博士4名）、硕士生28名。已培养毕业生包括：博士后出站5人、博士毕业生29人、硕士毕业生76人、本科毕业生180余人。
实验室目前的主要研究方向为计算机辅助药物设计、人工智能加速新药研发、网络药理学、计算毒理学、计算生物学等，主要基于人工智能技术发展药物设计新方法，包括药物靶标预测、分子生成、虚拟筛选、药物代谢动力学性质及毒性（ADMET）预测等；构建的潜在靶标预测系统NetInfer和ADMET性质在线预测和优化系统admetSAR等，得到国内外广大用户认可和使用；同时，与学院内外多个教授合作，开展神经系统疾病、代谢类疾病、抗肿瘤等药物发现和设计研究。
实验室累计承担了30多项的科研项目，并在包括Nucleic Acids Res., J. Med. Chem., J. Chem. Inf. Model., PLoS Comput. Biol., Brief. Bioinform., Eur. J. Med. Chem., Acta Pharmacol. Sin.等在内的国内外专业期刊发表研究论文300余篇，其中ESI高被引论文5篇，申请中国发明专利17项（其中授权8项），获得计算机软件著作权25项。
唐贇教授编著的教材《药物设计学》和《药物专业实验》于2020年由化学工业出版社出版，主讲的本科药学专业核心课程“药物设计学”2023年入选上海市一流本科课程。