Aptamer-target interaction descriptor
Aptamer-target interaction information
Interaction ID: 61
Aptamer sequence: AGCAGCACAGAGGTCAGATGGCAGGTAAGCAGGCGGCTCACAAAACCATTCGCATGCGGCCCTATGCGTGCTACCGTGAA
Target unique ID: P00698
Aptamer ID Aptamer descriptor Target chemistry Target name Affinity Binding Conditions/Buffer PubMed ID
Apta_61 Apt 80 Protein LYSC_CHICK 2.8 nM 25 mM trizma base, 192 mM glycine, and 5 mM K2HPO4, pH 8.3 22217604
Structure information of aptamer
Aptamer Sequence: AGCAGCACAGAGGTCAGATGGCAGGTAAGCAGGCGGCTCACAAAACCATTCGCATGCGGCCCTATGCGTGCTACCGTGAA
The optimal secondary structure in dot-bracket notation: (((((((.((.((((.(((((...((.(((.....))).))....))))).......)))))).))).))))........
The centroid secondary structure in dot-bracket notation: (((((((.((.((((..((((...((.(((.....))).))....))))........)))))).))).))))........
The MFE structure
The Centroid structure
The mountain plot representation
Aptamer information
Type Detail Type Detail
Aptamer ID Apta_61 Description Apt 80
Aptamer chemistry DNA Length 80 nt
GC content 57.5% Molecular weight 24,741.85 Da
Molarity of 1 μg/μl solution 40.42 μM Number of G-quadruplexes 2
G-Score 18 Function Aptasensor
Sequence AGCAGCACAGAGGTCAGATGGCAGGTAAGCAGGCGGCTCACAAAACCATTCGCATGCGGCCCTATGCGTGCTACCGTGAA
Applications Assay of human salivary lysozyme
Target information
Type Detail Type Detail
Uniprot ID P00698 Protein name Lysozyme C (EC 3.2.1.17) (1,4-beta-N-acetylmuramidase C) (Allergen Gal d IV) (allergen Gal d 4)
Gene name(s) LYZ Organism Lysozyme C (EC 3.2.1.17) (1,4-beta-N-acetylmuramidase C) (Allergen Gal d IV) (allergen Gal d 4)
Status reviewed in uniprot database Length 147
Mass 16,239 Activity regulation N/A
Involvement in disease N/A Catalytic activity Reaction=Hydrolysis of (1->4)-beta-linkages between N-acetylmuramic acid and N-acetyl-D-glucosamine residues in a peptidoglycan and between N-acetyl-D-glucosamine residues in chitodextrins
PDB ID(s)
132L;193L;194L;1A2Y;1AKI;1AT5;1AT6;1AZF;1B0D;1B2K;1BGI;1BHZ;1BVK;1BVX;1BWH;1BWI;1BWJ;1C08;1C10;1DPW;1DPX;1DQJ;1E8L;1F0W;1F10;1F3J;1FDL;1FLQ;1FLU;1FLW;1FLY;1FN5;1G7H;1G7I;1G7J;1G7L;1G7M;1GPQ;1GWD;1GXV;1GXX;1H6M;1H87;1HC0;1HEL;1HEM;1HEN;1HEO;1HEP;1HEQ;1HER;1HEW;1HF4;1HSW;1HSX;1IC4;1IC5;1IC7;1IEE;1IO5;1IOQ;1IOR;1IOS;1IOT;1IR7;1IR8;1IR9;1J1O;1J1P;1J1X;1JA2;1JA4;1JA6;1JA7;1JIS;1JIT;1JIY;1JJ0;1JJ1;1JJ3;1JPO;1JTO;1JTT;1KIP;1KIQ;1KIR;1KXW;1KXX;1KXY;1LCN;1LJ3;1LJ4;1LJE;1LJF;1LJG;1LJH;1LJI;1LJJ;1LJK;1LKR;1LKS;1LMA;1LPI;1LSA;1LSB;1LSC;1LSD;1LSE;1LSF;1LSG;1LSM;1LSN;1LSY;1LSZ;1LYO;1LYS;1LYZ;1LZ8;1LZ9;1LZA;1LZB;1LZC;1LZD;1LZE;1LZG;1LZH;1LZN;1LZT;1MEL;1MLC;1N4F;1NBY;1NBZ;1NDG;1NDM;1P2C;1PS5;1QIO;1QTK;1RCM;1RFP;1RI8;1RJC;1SF4;1SF6;1SF7;1SFB;1SFG;1SQ2;1T3P;1T6V;1UA6;1UC0;1UCO;1UIA;1UIB;1UIC;1UID;1UIE;1UIF;1UIG;1UIH;1UUZ;1V7S;1V7T;1VAT;1VAU;1VDP;1VDQ;1VDS;1VDT;1VED;1VFB;1W6Z;1WTM;1WTN;1XEI;1XEJ;1XEK;1XFP;1XGP;1XGQ;1XGR;1XGT;1XGU;1YIK;1YIL;1YKX;1YKY;1YKZ;1YL0;1YL1;1YQV;1Z55;1ZMY;1ZV5;1ZVH;1ZVY;2A6U;2A7D;2A7F;2AUB;2B5Z;2BLX;2BLY;2BPU;2C8O;2C8P;2CDS;2CGI;2D4I;2D4J;2D4K;2D6B;2D91;2DQC;2DQD;2DQE;2DQF;2DQG;2DQH;2DQI;2DQJ;2EIZ;2EKS;2EPE;2F2N;2F30;2F4A;2F4G;2FBB;2G4P;2G4Q;2H9J;2H9K;2HS7;2HS9;2HSO;2HTX;2HU1;2HU3;2HUB;2I25;2I26;2I6Z;2IFF;2LYM;2LYO;2LYZ;2LZH;2LZT;2PC2;2Q0M;2VB1;2W1L;2W1M;2W1X;2W1Y;2WAR;2X0A;2XBR;2XBS;2XJW;2XTH;2YBH;2YBI;2YBJ;2YBL;2YBM;2YBN;2YDG;2YSS;2YVB;2Z12;2Z18;2Z19;2ZNW;2ZNX;2ZQ3;2ZQ4;2ZYP;3A34;3A3Q;3A3R;3A67;3A6B;3A6C;3A8Z;3A90;3A91;3A92;3A93;3A94;3A95;3A96;3AGG;3AGH;3AGI;3AJN;3ATN;3ATO;3AW6;3AW7;3AZ4;3AZ5;3AZ6;3AZ7;3B6L;3B72;3D9A;3E3D;3EMS;3EXD;3F6Z;3G3A;3G3B;3HFM;3IJU;3IJV;3J4G;3J6K;3KAM;3LYM;3LYO;3LYT;3LYZ;3LZT;3M18;3M3U;3MBE;3N9A;3N9C;3N9E;3OJP;3OK0;3OTP;3P4Z;3P64;3P65;3P66;3P68;3QE8;3QNG;3QY4;3RNX;3RT5;3RU5;3RW8;3RZ4;3SP3;3T6U;3TMU;3TMV;3TMW;3TMX;3TXB;3TXD;3TXE;3TXF;3TXG;3TXH;3TXI;3TXJ;3TXK;3ULR;3W6A;3WL2;3WMK;3WPJ;3WPK;3WPL;3WU7;3WU8;3WU9;3WUA;3WUL;3WUM;3WUN;3WVX;3WVY;3WW5;3WW6;3WXT;3WXU;3ZEK;3ZVQ;4A7D;4A8A;4A8B;4AGA;4AXT;4B0D;4B1A;4B49;4B4E;4B4I;4B4J;4BAD;4BAF;4BAP;4BS7;4C3W;4CJ2;4D9Z;4DC4;4DD0;4DD1;4DD2;4DD3;4DD7;4DD9;4DDA;4DDB;4DDC;4DT3;4E3U;4EOF;4ET8;4ET9;4ETA;4ETB;4ETC;4ETD;4ETE;4FJR;4G49;4G4B;4G4C;4G4H;4GCB;4GCC;4GCD;4GCE;4GCF;4GLA;4GLV;4GN3;4GN4;4GN5;4H1P;4H8X;4H8Y;4H8Z;4H90;4H91;4H92;4H93;4H94;4H9A;4H9B;4H9C;4H9E;4H9F;4H9H;4H9I;4HP0;4HPI;4HSF;4HTK;4HTN;4HTQ;4HV1;4HV2;4I8S;4IAS;4IAT;4II8;4J1A;4J1B;4J7V;4KXI;4LFP;4LFX;4LGK;4LT0;4LT1;4LT2;4LT3;4LYB;4LYC;4LYM;4LYO;4LYT;4LYZ;4LZT;4M4O;4M6D;4MR1;4N0J;4N1C;4N1E;4N5R;4N8Z;4N9R;4NEB;4NFV;4NG1;4NG8;4NGI;4NGJ;4NGK;4NGL;4NGO;4NGV;4NGW;4NGY;4NGZ;4NHI;4NHP;4NHQ;4NHS;4NHT;4NIJ;4NSG;4NSH;4NSI;4NSJ;4NWE;4NWH;4NY5;4O34;4OOO;4OOT;4OWA;4OWB;4OWC;4OWE;4OWH;4P2E;4PGJ;4PHI;4PPO;4PRQ;4PRU;4QEQ;4QGZ;4QY9;4R0F;4R6C;4RDS;4RLM;4RLN;4RW1;4RW2;4TSA;4TSB;4TSC;4TTD;4TUN;4TWS;4U3X;4UWN;4UWU;4UWV;4W94;4W96;4WG1;4WG7;4WL6;4WL7;4WLD;4WLT;4WLX;4WLY;4WM1;4WM2;4WM3;4WM4;4WM5;4WM6;4WMG;4WO6;4WO9;4WOA;4X3B;4XAD;4XEN;4XJB;4XJD;4XJF;4XJG;4XJH;4XJI;4XN6;4XYY;4YEM;4YEN;4YEO;4YM8;4YOP;4Z3M;4Z41;4Z46;4Z98;4ZEE;4ZFP;4ZIX;5A3E;5A3Z;5AMY;5APC;5APD;5APE;5APF;5B05;5B06;5B07;5B1F;5B1G;5B59;5B5J;5C6I;5C6J;5C6L;5D5C;5D5F;5DL9;5DLA;5DM9;5E4P;5E9R;5EBH;5F14;5F16;5F81;5F9U;5F9X;5FCP;5FDJ;5FEK;5FEL;5FHW;5FST;5GWB;5HLL;5HMJ;5HMV;5HNC;5HNL;5HQ1;5I4W;5I4X;5I4Y;5I53;5I54;5I5Q;5IDD;5IEL;5IHG;5II3;5ILC;5ILF;5J7C;5JEN;5K2K;5K2N;5K2P;5K2Q;5K2R;5K2S;5K7O;5KJ9;5KKI;5KKJ;5KXK;5KXL;5KXM;5KXN;5KXO;5KXP;5KXR;5KXS;5KXT;5KXW;5KXX;5KXY;5KXZ;5KY1;5L3H;5L3I;5L9J;5LA5;5LA8;5LAF;5LAG;5LAN;5LIN;5LIO;5LVG;5LVH;5LVI;5LVJ;5LXW;5LYM;5LYT;5LYZ;5M1Y;5MJJ;5MYY;5NBJ;5NE0;5NJ1;5NJM;5NJP;5NJQ;5NJR;5NJS;5O4W;5O4X;5O6Q;5OB6;5OB7;5OB8;5OB9;5OCV;5OER;5OLE;5OOV;5OOY;5OP1;5T3F;5TK0;5UVJ;5V4G;5V4H;5V4I;5WR9;5WRA;5WRB;5YIN;5YKY;6A10;6A4N;6A4O;6A4P;6A4Q;6ABN;6ABZ;6AC2;6AD5;6ADF;6AEA;6AGN;6AGR;6AHH;6AHL;6APM;6B7U;6B7V;6B7W;6BO1;6BO2;6BRE;6CIW;6D6E;6D6F;6D6G;6D6H;6F1L;6F1M;6F1O;6F1P;6F1R;6F2I;6F2J;6F2K;6F9X;6F9Y;6F9Z;6FA0;6FRO;6FRQ;6FSJ;6FTR;6G5C;6G5V;6G5Y;6G8A;6GF0;6GNL;6GOB;6GOH;6GOI;6GOJ;6H0K;6H0L;6H3B;6H79;6HT2;6HU5;6HY4;6HY6;6HY8;6HYB;6IG6;6IRJ;6JB2;6JB5;6JB8;6JXP;6JXQ;6JZI;6K5Q;6K8G;6KCB;6KCD;6KD1;6LAV;6LL3;6LT5;6LYT;6LYZ;6MQV;6MUZ;6MX9;6O2H;6P4A;6P4B;6P4D;6PBB;6PL9;6PLA;6PLB;6Q88;6Q8R;6Q8T;6QEA;6QNB;6QQ3;6QQC;6QQD;6QQE;6QQF;6QWW;6QWX;6QWY;6QWZ;6QX0;6QXW;6QXX;6QXY;6QY0;6QY1;6QY2;6QY4;6QY5;6RNB;6RNC;6RO3;6RO5;6RT1;6RT3;6RT9;6RTA;6RXI;6S2N;6S7N;6SET;6SEU;6SEW;6SEX;6SEZ;6SIJ;6SIK;6SIL;6SIM;6SR0;6SR1;6SR2;6SR3;6SR4;6SR5;6SYC;6SYD;6SYE;6TVL;6TVY;6W7P;6W8E;6WEB;6WEC;6WGO;6WRL;6WRM;6WX5;6YBF;6YBI;6YJX;6YOB;6YOC;6YOD;6YOE;6ZS8;7A70;7AC2;7AVE;7AVF;7AVG;7B9J;7BAZ;7BB1;7BCU;7BCX;7BD0;7BDM;7BDZ;7BE0;7BE1;7BE2;7BEB;7BEC;7BHK;7BHL;7BHM;7BHN;7BMO;7BMP;7BMQ;7BMR;7BMS;7BMT;7BR5;7BVM;7BVO;7BYO;7BYP;7C09;7CDK;7CDM;7CDN;7CDO;7CDP;7CDQ;7CDR;7CDS;7CDT;7CDU;7CJZ;7CQO;7CVJ;7CVL;7D01;7D02;7D04;7D05;7D0W;7DEQ;7DER;7DLN;7DTB;7DTF;7E02;7F26;7FCU;7FCW;7FG8;7FGU;7FGV;7JMU;7KH5;7KNK;7L84;7LLP;7LN8;7LN9;7LOQ;7LOR;7LP6;7LPL;7LPM;7LYZ;7NJF;7NKF;7O2O;7P6M;7PNH;7Q04;7Q05;7Q06;7QQ1;7S4W;7VEI;7VGO;7VGP;7WBD;7WBE;7WBF;7WKR;7WUC;8LYZ;9LYZ;
Function Lysozymes have primarily a bacteriolytic function.
Activity data

No relevant experimental diagram

 Interaction ID 61
Target type Protein
Target unique ID P00698
Activity 2.8 nM
Binding Conditions/Buffer

25 mM trizma base, 192 mM glycine, and 5 mM K2HPO4, pH 8.3
Assay

N/A
PubMed ID 22217604
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Apta_108 DNA AGCAGCACAGAGGTCAGATGCTTTGCCACGGCAACGTCCCAAAACTAATGGTAACTATACCCTATGCGTGCTACCGTGAA 72.50%
Apta_110 DNA AGCAGCACAGAGGTCAGATGGTTAGGAAGGTGAATAGGTACGACTGCAGGTCTATCGCAGCCTATGCGTGCTACCGTGAA 72.50%
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Apta_278 DNA AGCAGCACAGAGGTCAGATGAGGCCTGGTGATCGTGCCCAGGCCATATGAGCAAGGAACCCCTATGCGTGCTACCGTGAA 71.25%
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Apta_104 DNA AGCAGCACAGAGGTCAGATGCAAACCACAGCCTGAGTGGTTAGCGTATGTCATTTACGGACCTATGCGTGCTACCGTGAA 70.00%
Apta_105 DNA AGCAGCACAGAGGTCAGATGATGCTCTAGGCGAAAGACTTGGCGTAGAACGACGGGAGGCCCTATGCGTGCTACCGTGAA 70.00%
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